Регистрация | Последние сообщения | Персональный список | Поиск | Настройка конференции | Личные данные | Правила конференции | Список участников | Top 64 | Статистика раздела | faq | Что нового v.2.3 | Чат
Skunk Forum - Техника, Наука, Общество » Общетехнический »
94% генома на чипе

Версия для печати (настроить)

Новая тема | Написать ответ

Подписаться

Автор Тема:   94% генома на чипе
Алексей П.
Moderator

Сообщений: 479
Откуда: СПб
Регистрация: Январь 2001

написано 14 Ноября 2001 17:52ИнфоПравкаОтветитьIP

Была когда то на иксбите интереснейшая статья, вот хотелось бы узнать, как двигаются дела далее в этом направлении

Ниже дана выборка архива годичной давности. надеюсь, что ее будет интересно почитать


Автор Тема: 94% генома на чипе
Adviser1
unregistered написано 28-12-2000 09:47 Правка • Ответить • IP

--------------------------------------------------------------------------------
"и зашить их в чип"... ;-(
RawIron, аккуратней пожалуйста! А то фраза как будто из МК или еще чего похуже... ;-( Я понимаю, предновогоднее настроение, etc... ;-) И спасибо Вам что еще пока делаете новости, а не начали праздновать! ;-)
WBR.


Grad II
Member

Ответов: 275
Откуда: Moscow
написано 28-12-2000 12:32 Инфо • Правка • Ответить • IP

--------------------------------------------------------------------------------
2Adviser1
Я сотрудник Центра Биологических Микрочипов Института Молекулярной Биологии РАН.
Подобные системы в молекулярной биологии разрабатываются уже довольно давно и сама технология не является сенсацией.
Да геном нематоды, т.е. C.elegans довольно большой - 97 млн. пар оснований (для простоты скажем - букв). Число генов тоже довольно велико - около 19 тысяч. И сделать такой чип - большая и серьезная работа.
А теперь представь себе, что всю ДНК это червя разделили на фрагменты. В соотвествии с определенной логикой - скажем, по аналогии с кластерами на жестком диске ((с) здесь, на IXBT- DVKup ) нанесли на нейлоновую, нитроцеллюлозную, а может и просто на стеклянную подложку. Получился такой вот настоящий чип, с помощью которого можно исследовать функции генов, находить различия между разными видами C.elegans и т.п.
Конечно, практическое применение, скажем в медицине, этого конкретного чипа найти сложно, но если взять другой объект, к примеру патогенный для человека микроорганизм, то ценность этого метода очень велика.
Если нужны, подробности, напишу с удовольствием


Franky
Moderator
"Флеймер"

Ответов: 925
Откуда: Советский Союз
Web-страница
написано 28-12-2000 12:47 Инфо • Правка • Ответить • IP

--------------------------------------------------------------------------------
В виде статьи пожалуйста, с уклоном на научно популярную, чтобы поняли хотя бы 10% читателей


RAWIRON
Junior iXBT newsmaker

Ответов: 26
Откуда: Kiev, Ukraine
Web-страница
написано 28-12-2000 13:03 Инфо • Правка • Ответить • IP

--------------------------------------------------------------------------------
Adviser1

И вам бы тоже посоветовал поаккуратней с выражениями.
See the source for yourself - так говорит один знакомый...



Grad II
Member

Ответов: 276
Откуда: Moscow
написано 28-12-2000 13:31 Инфо • Правка • Ответить • IP

--------------------------------------------------------------------------------
Franky
Я собирался ее заслать на IXBT еще больше года назад (после первой сходки ), но поскольку тогда многие наши технологии еще не были запатентованы, а потому мое руководство запретило публикации в интернете (но не в научных статьях). Сейчас попробую еще раз.


Franky
Moderator
"Флеймер"

Ответов: 927
Откуда: Советский Союз
Web-страница
написано 28-12-2000 14:09 Инфо • Правка • Ответить • IP

--------------------------------------------------------------------------------
Ура! Ждем с нетерпением!


Adviser.
unregistered написано 28-12-2000 14:49 Правка • Ответить • IP

--------------------------------------------------------------------------------
2 RAWIRON: Сорри, не удержусь... ;-)
Так вот ЧТО ознчает эта фраза? ;-)

То, что биологи из Стэнфорда прошили какую-то прогу, эмулирующую взаимосвязи в геноме этого бедного червячка в ПЗУ'шку? Или какую-то логическую схему в ПЛМ'ку? Или они с нуля разработали какую-то схему a-la процессор, каким-то образом описывающую генотип? Или, как я понял из сообщения Grad II, это вообще что-то типа микрофиши? Т.е. в принципе даже и не электронная схема?

Не понял... ;-\ По-русски читать вроде еще не разучился, образование - электронное, работаю по специальности... ;-)

2 Grad II: А статью специалиста было бы очень интересно почитать... ;-)



RAWIRON
Junior iXBT newsmaker

Ответов: 27
Откуда: Kiev, Ukraine
Web-страница
написано 28-12-2000 15:19 Инфо • Правка • Ответить • IP

--------------------------------------------------------------------------------
Нет, это тонкопленочная микросхема, скорее логическая схема в ПЛМ.
Я поправил формулировку в новости.



Grad II
Member

Ответов: 278
Откуда: Moscow
написано 28-12-2000 15:25 Инфо • Правка • Ответить • IP

--------------------------------------------------------------------------------
2Adviser.
Т.е. в принципе даже и не электронная схема?
Да, именно так. В основе биологических микрочипов лежит скорее не логика (во всяком случае не то, что мы подразумеваем в электронных схемах), а информационная емкость. С помощью такого чипа можно получить определенный паттерн, шаблон элементов чипа, различающихся, скажем, по интенсивности флюоресценции. А затем уже специальными программами можно оцифровать эту картинку.
Так что ни о компутерной эмуляции, ни о "схемах а-la процессор" речь в данном случае не идет.

Так что фраза "зашить их в чип" вполне корректна, если понимать о чем в данном случае идет речь



Adviser.
unregistered написано 28-12-2000 15:53 Правка • Ответить • IP

--------------------------------------------------------------------------------
2 RAWIRON: Big THX! ;-) Теперь только осталось узнать сколько она стоит в партиях от 10000 шт и стандартную схему подключения... ;-) Впаять ее в комп на работе, дабы он начал плодить ма-а-а-леньких червячков... ;-) Хотя... Mu$tDie и так неплохо багов плодит... ;-) Еще раз спасибо за... Да за все! ;-) Happy New Year! ;-)


Adviser.
unregistered написано 28-12-2000 15:55 Правка • Ответить • IP

--------------------------------------------------------------------------------
2 Grad II: Сорри открыл ответ - потом юзвери сдернули (админю я... ;-) а Вы в этот момент написали... Ладно, Ок, ждем Вашу статью. С наступающим! ;-)


RAWIRON
Junior iXBT newsmaker

Ответов: 28
Откуда: Kiev, Ukraine
Web-страница
написано 28-12-2000 17:20 Инфо • Правка • Ответить • IP

--------------------------------------------------------------------------------
2 Grad II
Спасибо, а то я тоже не слишко корректно представлял себе процесс


RAWIRON
Junior iXBT newsmaker

Ответов: 29
Откуда: Kiev, Ukraine
Web-страница
написано 28-12-2000 17:24 Инфо • Правка • Ответить • IP

--------------------------------------------------------------------------------
Adviser.
Так что не все так просто...
))

KBOB
Junior Member

Сообщений: 8
Откуда: Кемерово
Регистрация: Октябрь 2001

написано 15 Ноября 2001 12:15ИнфоПравкаОтветитьIP

Алексей П.
Да геном нематоды, т.е. C.elegans довольно большой - 97 млн. пар оснований (для
простоты скажем - букв). Число генов тоже довольно велико - около 19 тысяч. И сделать
такой чип - большая и серьезная работа.

Поскольку существует 4 различных основания, для кодировки одной пары оснований потребуется 2 бита, одним байтом можно закодировать 4 идущие подряд пары оснований ДНК, соответственно 97 млн. пар - 24Мб.

Какие проблемы запихать все это в чип?

Алексей П.
Moderator

Сообщений: 483
Откуда: СПб
Регистрация: Январь 2001

написано 16 Ноября 2001 00:10ИнфоПравкаОтветитьIP

Насколько можно понять, проблемы только с выполнением таким чипом заранее заданных алгоритмов, кроме того сами алгоритмы тоже проблема- гора не должна родить пшик

Весельчак У
Moderator

Сообщений: 950
Откуда: Санктъ-Питербурхъ
Регистрация: Декабрь 2000

написано 16 Ноября 2001 00:15ИнфоПравкаОтветитьIP

Вот только кто знает эти алгоритмы?

MN
Member

Сообщений: 721
Откуда: iXBT
Регистрация: Январь 2001

написано 16 Ноября 2001 00:37ИнфоПравкаОтветитьIP

Алексей П.
Была когда то на иксбите интереснейшая статья, вот хотелось бы узнать, как двигаются дела далее в этом направлении
А почему бы не поднять ту ветку? Эффект, надеюсь, какой-нибудь будет.

Алексей П.
Moderator

Сообщений: 484
Откуда: СПб
Регистрация: Январь 2001

написано 16 Ноября 2001 01:01ИнфоПравкаОтветитьIP

MN
Спасибо

Алексей П.
Moderator

Сообщений: 489
Откуда: СПб
Регистрация: Январь 2001

написано 22 Ноября 2001 23:55ИнфоПравкаОтветитьIP

К сожалению, поднятая на иксбите ветка снова ушла в небытие, странно, что многим это малоинтересно и фрэнки не дожался

Alex P.
Member

Сообщений: 2679
Откуда: SPb
Регистрация: Июнь 2001

написано 14 Декабря 2002 09:52ИнфоПравкаОтветитьIP

Кстати, а приезжала ли к Franky помянутая выше

цитата:
Franky
Я собирался ее заслать на IXBT еще больше года назад (после первой сходки ), но поскольку тогда многие наши технологии еще не были запатентованы, а потому мое руководство запретило публикации в интернете (но не в научных статьях). Сейчас попробую еще раз.

статья, и если в конце концов да, то почему не была опубликована?
Мда, как года быстро идут

Alex P.
Member

Сообщений: 4467
Откуда: SPb
Регистрация: Июнь 2001

написано 19 Апреля 2004 19:44ИнфоПравкаОтветитьIP

Интересно, не появилось ли какой либо новой информации на эту тему. Ведь, развивая это направление, можно эмулировать работу соответствующего генома! Изменяя фрагменты, можно видеть результат непосредственно, а это колоссальное ускорение на пути поиска лекарства от рака без изнурительных доп. проверок, коррекции считавшихся неизлечимыми ген. заболеваний и т.п.

Ваш ответ:

Коды форума
Смайлики


Ник:    Пароль       
Отключить смайлики

Все время MSK

Склеить | Разбить | Закрыть | Переместить | Удалить

Новая тема | Написать ответ
Последние сообщения         
Перейти к:

Свяжитесь с нами | skunksworks.net

Copyright © skunksworks.net, 2000-2018

Разработка и техническая поддержка: skunksworks.net


Рейтинг@Mail.ru Яндекс.Метрика